Czteroklasowa szkoła powszechna powstała w Borkowie Kościelnym w dwudziestoleciu międzywojennym. Znajdowała się początkowo w mieszkaniu prywatnym u państwa Szuleckich, a później u państwa Sztumskich. Przed II wojną światową wyznaczono plac pod budowę nowej szkoły przy szosie warszawskiej obok drogi dojazdowej do kościoła. W pobudowaniu budynku szkolnego przeszkodziła wojna. Po jej zakończeniu szkołę umieszczono w starym, liczącym ponad dwieście lat, modrzewiowym dworku z gankiem i kolumnami od frontu, położonym wśród pięknego parku w pobliżu Sierpienicy po jej południowej stronie. Szkoła zaczęła pracę po przerwie wojennej w roku szkolnym 1944/45 w II semestrze jako szkoła VII - klasowa. Wkrótce okazało się, że w obszernym pałacu jest za mało miejsca na egzystowanie normalnej szkoły. Podjęto więc decyzję wybudowania nowego budynku szkolnego. Po jego wykończeniu stojący obok dworek został w 1963 roku na skutek czyjejś bezmyślnej decyzji rozebrany. W wyniku reformy szkolnej w 1966 r. szkoła w Borkowie Kościelnym od roku szkolnego 1966/67 stała się szkołą VIII -klasową.

            Pod koniec lat 90-tych rozbudowano istniejącą szkołę. Obudowano cztery izby lekcyjne z pokojem nauczycielskim oraz nowoczesną salę gimnastyczną z odpowiednim zapleczem.

            W 1999 r. na skutek reformy oświaty, nastąpiła reorganizacja szkoły. Obok szkoły podstawowej utworzono w Borkowie gimnazjum, a szkoła otrzymała nazwę Zespół Szkół w Borkowie Kościelnym. Przed II wojną światową w szkole borkowskiej uczyli Maruszczakowa, Wysocki i Jan Kowalski.

od 1948 r. do 22 VI 1955 r. szkołą kieruje Jan Kowalski

od 09 IX 1955  - 20 XI 1959  - Stanisław Ignatowski

od 02 II 1962 – 06 I 1974 – Tadeusz Sosnowski

od 02 III 1974 – 30 VIII 1974 – zastępczo Stanisław Zaborowski

od 30 VIII 1974 – 02 VI 1978 – Jan Czarnomski

od 18 VIII 1978 – 31 VIII 1984 – Grażyna Czarnomska

od 01 IX 1984 – 31 VIII 1995 – Wojciech Szablewski

od 01 IX 1995 – Maria Trzcińska

Cytat pochodzi z książki ks. Stefana Prusińskiego  „Borkowo zarys historii parafii (1377-1999)”

Od 1 września 2001 r. w budynku szkolnym funkcjonowały dwie placówki oświatowe: Szkoła Podstawowa i Gimnazjum. Dyrektorem Szkoły Podstawowej została p. Barbara Gostomska, natomiast Dyrektorem Gimnazjum w Borkowie Kościelnym p. Maria Trzcińska. 1 września 2016 r. szkoły zostały połączone w Zespół Szkół w Borkowie Kościelnym. Dyrektorem Zespołu Szkół w Borkowie Kościelnym jest p. Maria Trzcińska. W wyniku reformy oświaty w budynku od 1 września 2017 roku funkcjonuje Szkoła Podstawowa w Borkowie Kościelnym, dyrektor pozostał bez zmian. 16 października 2019 r. szkole nadano imię Jana Pawła II.